Para mostrar os logos deve-se utilizar as variáveis settings.payments e settings.shipping.
Segue um exemplo de como fazer isso:
<div class="payments">
{% for payment in settings.payments %}
{{ payment | payment_logo | img_tag('', {'height' : 29}) }}
{% endfor %}
</div>
<div class="shipping">
{% for shipping in settings.shipping %}
{{ shipping | shipping_logo | img_tag('', {'height' : 29}) }}
{% endfor %}
</div>